これはもうどちらが正解だとか主流だとかいうのではなく、野球のピッチャーのオーバースローとサイドスローのように「流儀の違い」みたいなものだと考えるほうがいいだろう。
肩を上げる、下げる。それぞれにどういう利点と欠点があるのか？ というか実のところ、撃ってる側としては「肩を上げている／下げている」という意識は特に無いんじゃないかと思う。自分にとって自然なフォームを追求していった結果、そういう形になっているだけで、意識的に力を入れていたりするわけじゃないんじゃなかろうか。
腕関節の形によって肩の位置が変わるのではないかとも思って調べてみた。肘関節をいっぱいに伸ばしたときに、真っ直ぐではなく反対側に少し曲がった形でロックされる、いわゆる「猿腕」と呼ばれる形の腕を持ってる人が特に女性には多いという。女性に肩を上げ気味にして撃つ人が多いのは、もしかして猿腕気味になってる人が多いからなんじゃないだろいうかと思ったのだが、実際には見て分かるくらいの極端な猿腕でも両方の撃ち方をしている人が見つかったので、この説は間違いだということが判明した…。